Der Verlauf einer HIV-Infektion und einer AIDS-Erkrankung kann sehr unterschiedlich verlaufen. Tage bis Monate nach der Ansteckung mit dem HI-Virus kommt es zur akuten HIV-Erkrankung. Die Symptome sind zunächst unspezifisch und denen eines grippalen Infekts ähnlich. Es folgt ein krankheitsfreies Intervall von mehreren Jahren bis Jahrzehnten. Dann kommt es zum Vollbild der AIDS-Erkrankung mit typischen Symptomen wie Gewichtsabnahme, schweren Infektionserkrankungen und bestimmten Krebsarten.

Die Prognose von HIV und AIDS ist in den letzten Jahren durch die Einführung immer neuer Medikamente mit verschiedenen Wirkmechanismen erheblich verbessert worden. Ungünstige Prognosefaktoren sind unter anderem eine erhöhte Viruslast (mehr als 10.000 Kopien pro Milliliter) zum Zeitpunkt der Diagnose, ein Anstieg der Viruslast und eine persistierende Viruslast über 10.000 Kopien pro Milliliter sowie ein Abfall der T-Helferzell-Zahl. Wenngleich AIDS bis heute nicht heilbar ist, so hat die Sterblichkeit im Vergleich zu früher deutlich abgenommen.