Immer häufiger wird mittlerweile auch der sogenannte PCR-Test zur Diagnose einer HIV-Infektion verwendet. Dies ist kein Antikörpertest, sondern ein direkter Virusnachweis, wodurch das diagnostische Fenster wesentlich verkürzt wird. Der PCR-Test sollte nicht früher als zwei Wochen nach einer etwaigen Infektion vorgenommen werden, da u. U. erst nach zwei Wochen die Viruslast (Menge der Viren im Blut) hoch genug ist, um nachweisbar zu sein. Zu beachten ist, dass beim PCR-Test nicht gleichzeitig auf HIV-1 und HIV-2 getestet werden kann (wie beim Antikörpertest), sondern für jeden der beiden Virenstämme ein eigener Test gemacht werden muss.

Ab 14 Tagen nach einer Infektion kann eine PCR HIV zu 99,9% nachweisen. Es sind keine falsch-negativen Testergebnisse bekannt, wenn das diagnostische Fenster eingehalten wurde. Auch ist es nicht möglich, dass die Viruslast unter die Nachweisgrenze der PCR sinkt, solange man keine HIV-Therapie (HAART) einnimmt. Die PCR-Bestimmung ist ab zwei Wochen nach einem Risiko somit sehr sicher. Wir müssen allerdings darauf hinweisen, dass ein PCR-Ergebnis um ein paar Promille unsicherer ist als ein Standard-Antikörpertest ist, weshalb die offizielle Richtlinie besagt, man solle im Idealfall 12 Wochen nach einem Sexualkontakt einen Antikörpertest zur absoluten Absicherung machen lassen.